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Annotation structurale et fonctionnelle : de la sequence a la fonction
formations courtes en bio-informatique
Année : 2011 / 2012
dernière mise à jour : 20/02/2012
Objectifs et particularités de la formation
- Maîtriser et comprendre les différentes méthodes pour extraire l’information biologique d’une séquence génomique
- Réaliser son annotation structurale (détection des gènes, caractérisation de leur structure intro-extron) et fonctionnelle
- Rechercher des motifs et des signaux biologiques au niveau protéique
- Caractériser des familles multi géniques afin de définir les relations dorthologie
Nature du stage : qualifiant
Type de validation : attestation de stage
Modalités d'organisation
- Formation courte
Accompagnement pédagogique
Méthode pédagogique
Les cours théoriques de chaque partie seront illustrés par des exemples concrets et mis en application au cours de travaux pratiques.
Les logiciels accessibles en mode anonyme sur le Web sont préférentiellement utilisés.
La dernière demi-journée sera réservée pour discuter des projets des participants.
Intervenants
- Sébastien AUBOURG, professeur et chercheur
- Philippe BESSIERE, professeur et chercheur
- Bernard PRUM, professeur et chercheur
- Francis QUETIER, professeur et chercheur
Conditions d'admission
Profil
Chercheurs et ingénieurs, biologistes ou (bio) informaticiens du secteur public et du privé souhaitant acquérir les méthodologies nécessaires pour l’expertise d’une séquence génomique ou protéique et son annotation complète.
Pré-requis
Aucun
Modalités
Durée
5 jours (35 heures)
Dates
Du 15 au 19 octobre 2012
Type
Formation inter ou intra entreprise(s)
Coût (net de taxe)
1275 euros
Formation intra entreprise : nous contacter
Lieu
Bâtiment Ile de France
Boulevard François Mitterrand
91025 EVRY Cedex
Obtention d’une séquence génomique de qualité
- Définition des critères pour contrôler la qualité d’une séquence
- Nettoyages des séquences brutes et détection des contaminations
- Assemblage et visualisation des contigs
- Définition d’une séquence consensus
De la séquence anonyme aux gènes
- Différentes méthodes de prédiction des gènes (chez procaryotes et les eurocaryotes)
- Compréhension et association de méthodes de prédictions
- Définition des régions transcrites et traduites
- Limites de l’annotation structurales
Annotation fonctionnelle des gènes
- Recherche de similarités et de motifs connus
- Prédiction de la fonction biochimique
- Pièges de l’annotation fonctionnelle automatique
- Prédiction de la fonction biologique au travers des familles multigéniques
- Intérêt de l’annotation par famille de gènes et de protéines
- Recherches itératives et comparaison « tout contre tout »
- Introduction à la phylogénie et recherche de gènes orthologues
Responsable pédagogique
- Sébastien AUBOURG, professeur et chercheur (aubourg@evry.inra.fr)
Renseignements – Inscriptions
Sylvie BARREAU, Assistante de formation
01 69 47 70 67– 01 69 47 71 05
Université d’Evry Val d’Essonne
Service de la formation continue
Boulevard François Mitterrand
91025 EVRY Cedex
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