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GÉNOMIQUE MÉTABOLIQUE (UMR 8030)

dernière mise à jour : 25/09/2015

L’UMR 8030 « Génomique métabolique », explore la biodiversité des organismes par l’analyse de leur génome, participant ainsi de façon significative à l’exploration globale de l’arbre du vivant.

Récemment apparition de nouvelles technologies de séquençage a donné accès à l’exportation globale de la bio-diversité de consortia d’organisme partageant un même biotope.

Le déluge de données de séquences de novo s’accompagne aussi d’un accroissement du nombre de gènes dont les fonctions restent totalement inconnues. Le Genoscope et l’UMR ont donc décidé d’étendre l’étude de la bio- diversité des génomes à celle des réactions  chimiques réalisées par le vivant.

Contact
Monique Meugnier

CEA/Genoscope
UMR8030 de Génomique Métabolique
2, rue Gaston Crémieux
CP5706 91 057 Evry Cedex
Téléphone : 01 60 87 25 00
Fax : 01 60 87 25 14
Contact : meugnier@genoscope.
cns.fr

THÈMES ET ÉQUIPES

Thèmes :

Bioinformatique  et analyses des séquences

 

 

   

Activités

  • Analyse des séquences nucléotidiques : de l’assemblage à l’annotation
  • Analyse de génomes eucaryotes : Génomique évolutive et comparative
  • Métagénomique : méthodes bioinformatiques pour l’exploration de la diversité  génétique et fonctionnelle

Membres :

http://www.genoscope.cns.fr/spip/Equipe-des-Genomes-eucaryotes.html

Thèmes :

Atelier de Génomique comparative

 

 

 

Activités

  • Développement de méthodes pour l’annotation fonctionnelle et l’analyse comparative de génomes bactériens
  • Conception de structures de  bases de données
  • Recherche sur la dynamique et l’évolution des génomes bactérien
  • Etude du métabolisme bactérien

 Plus : http://www.genoscope.cns.fr/spip/Atelier-de-genomique-comparative.html

Membres :

http://www.genoscope.cns.fr/spip/Equipe-Thesaurus-metabolique.html

Thèmes :

Génomique et biochimie du métabolisme

 

 

 

Activités

  • Etude du métabolisme procaryote
  • Recherche expérimentale de fonction de gène
  • Recherche de nouvelles activités enzymatiques, de nouvelles voies métaboliques

Plus : http://www.genoscope.cns.fr/spip/Equipe-Thesaurus-metabolique.html

Membres :

http://www.genoscope.cns.fr/spip/Equipe-Thesaurus-metabolique.html

Thèmes :

Bioinformatique des réseaux

 

 

Actualités

  • Reconstruction et analyse de modèles métaboliques à l’échelle du génome
  • Développement d’outils logiciels pour la modélisation métabolique
  • Analyse des réseaux d’interactions hétérogènes

 Plus http://www.genoscope.cns.fr/spip/Reseaux-metaboliques.html

Membres :

http://www.genoscope.cns.fr/spip/Equipe-Reseaux-metaboliques.html

Thèmes :

Métagénomique des procaryotes

   

 

 

    

 

  

 

 

Activités

  • Exploration  de la diversité microbienne dans les procédés d’épuration des eaux à boues activées
  • Analyse des communautés microbiennes impliquées dans la digestion anaérobie : métagénomique des          procaryotes.
  • Etude des microorganismes non encore cultivés : reconstruction et analyse du génome
  • Essais de culture de ces microorganismes anaérobies

Plus : http://www.genoscope.cns.fr/spip/Equipe-Cloaca-maxima.html

Membres :

http://www.genoscope.cns.fr/spip/Equipe-Cloaca-maxima.html

Thèmes :

Chimie organique biologique

 

 

   

    

 

  

 

 

Activités

Ce laboratoire est en cours d’installation

 

Membres :

  • Anne Zaparucha (Chef de laboratoire, enseignant chercheur à l’UEVE)
  • Carine Vergne (Chercheur CEA)    

Thèmes

  • Analyse de séquences de génomes eucaryotes et procaryotes,
  • Etude de la biodiversité métabolique et microbienne de l’épuration des eaux,
  • Reconstruction et analyse des réseaux métaboliques
  • Reconstruction de voies métaboliques et analyse fonctionnelle systématique des gènes d’Acinetobacter. baylyi)
  • Recherche de nouvelles fonctions enzymatiques du métabolisme central et intermédiaire.

 

 

MEMBRES

Membres :

  • Aghaie Asadollah
  •  Artiguenave François
  •  Aury Jean-Marc
  •  Boko Isabelle
  •  Bourguignon Pierre-Yves
  •  Brüls Thomas
  •  Calteau Alexandra
  •  Castelli Vanina
  •  Chaussonnerie Sébastien
  •  Couret-Barbance Agnès
  •  Cruveiller Stéphane
  •  Da Silva Corinne
  •  Daegelen Patrick
  •  de Bérardinis Véronique
  •  Demange-Perchat Nadia
  •  Denoeud France
  •  Do  Phan Than
  •  Durot Maxime
  •  Engelen Stéphane
  •  Fischer Cécile 
  •  Fonknechten Nuria
  •  Heilig Roland
  •  Jaillon Olivier
  •  Katinka Michaël
  •  Kreimeyer Annett
  •  Lajus Aurélie
  •  Le Fèvre François
  •  Le Paslier Denis
  •  Lechaplais Christophe
  •  Mavel Delphine
  •  Médigue Claudine
  •  Melo Raquel
  •  Morico Damien
  •  Noel Benjamin
  •  Papeil Aude
  •  Pelle Christine
  •  Pelletier Eric
  •  Perret Alain
  •  Porcel-Setterblad Betina
  •  Roche David
  •  Rogier Odile
  •  Rouy Zoé
  •  Salanoubat Marcel
  •  Salvignol Grégory
  •  Samson Gaëlle
  •  Schächter Vincent
  •  Segurens Béatrice
  •  Sghir Abdelghani
  •  Smidtas Serge
  •  Smith Alexander
  •  Tricot Sabine
  •  Ugarte Edgardo
  •  Vallenet David
  •  Vergne Carine
  •  Vieira Gilles
  •  Weissenbach Jean
  •  Wincker Patrick
  •  Zaparucha Anne  

 

PUBLICATIONS

Articles in peer-reviewed journals 2005-2008 umr8030 “genomique metabolique”

2008

 

  •  Abad, P., Gouzy, J., Aury, J. M., Castagnone-Sereno, P., Danchin, E. G., Deleury, E., Perfus-Barbeoch, L., Anthouard, V., Artiguenave, F., Blok, V. C., Caillaud, M. C., Coutinho, P. M., Dasilva, C., De Luca, F., Deau, F., Esquibet, M., Flutre, T., Goldstone, J. V., Hamamouch, N., Hewezi, T., Jaillon, O., Jubin, C., Leonetti, P., Magliano, M., Maier, T. R., Markov, G. V., McVeigh, P., Pesole, G., Poulain, J., Robinson-Rechavi, M., Sallet, E., Segurens, B., Steinbach, D., Tytgat, T., Ugarte, E., van Ghelder, C., Veronico, P., Baum, T. J., Blaxter, M., Bleve-Zacheo, T., Davis, E. L., Ewbank, J. J., Favery, B., Grenier, E., Henrissat, B., Jones, J. T., Laudet, V., Maule, A. G., Quesneville, H., Rosso, M. N., Schiex, T., Smant, G., Weissenbach, J. & Wincker, P. (2008). Genome sequence of the metazoan plant-parasitic nematode Meloidogyne incognita. Nat Biotechnol 26, 909-15.
  • Aghaie, A., Lechaplais, C., Sirven, P., Tricot, S., Besnard-Gonnet, M., Muselet, D., de Berardinis, V., Kreimeyer, A., Gyapay, G., Salanoubat, M. & Perret, A. (2008). New insights into the alternative D-glucarate degradation pathway. J Biol Chem 283, 15638-46.
  • Amadou, C., Pascal, G., Mangenot, S., Glew, M., Bontemps, C., Capela, D., Carrere, S., Cruveiller, S., Dossat, C., Lajus, A., Marchetti, M., Poinsot, V., Rouy, Z., Servin, B., Saad, M., Schenowitz, C., Barbe, V., Batut, J., Medigue, C. & Masson-Boivin, C. (2008). Genome sequence of the {beta}-rhizobium Cupriavidus taiwanensis and comparative genomics of rhizobia. Genome Res, [Epub ahead of print].
  • Appenzeller, J., Mihci, G., Martin, M.-T., Gallard, J.-F., Menou, J.-L., Boury-Esnault, N., Hooper, J., Petek, S., Chevalley, S., Valentin, A., Zaparucha, A., Debitus, C. & Al-Mourabit, A. (2008). Agelasines J, K and L from the Solomon Islands marine sponge Agelas cf. mauritiana. Journal of Natural Products, [in press].
  • Baati, H., Guermazi, S., Amdouni, R., Gharsallah, N., Sghir, A. & Ammar, E. (2008). Prokaryotic diversity of a Tunisian multipond solar saltern. Extremophiles, [Epub ahead of print].
  • Belkorchia, A., Biderre, C., Militon, C., Polonais, V., Wincker, P., Jubin, C., Delbac, F., Peyretaillade, E. & Peyret, P. (2008). In vitro propagation of the microsporidian pathogen Brachiola algerae and studies of its chromosome and ribosomal DNA organization in the context of the complete genome sequencing project. Parasitol Int 57, 62-71
  • Bertin, P. N., Medigue, C. & Normand, P. (2008). Advances in environmental genomics: towards an integrated view of micro-organisms and ecosystems. Microbiology 154, 347-59.
  • Bezier, A., Herbiniere, J., Serbielle, C., Lesobre, J., Wincker, P., Huguet, E. & Drezen, J. M. (2008). Bracovirus gene products are highly divergent from insect proteins. Arch Insect Biochem Physiol 67, 172-87.
  • Boyer, M., Haurat, J., Samain, S., Segurens, B., Gavory, F., Gonzalez, V., Mavingui, P., Rohr, R., Bally, R. & Wisniewski-Dye, F. (2008). Bacteriophage prevalence in the genus Azospirillum and analysis of the first genome sequence of an Azospirillum brasilense integrative phage. Appl Environ Microbiol 74, 861-74.
  • Brochier, C., Gaillard, M. C., Diguet, E., Caudy, N., Dossat, C., Segurens, B., Wincker, P., Roze, E., Caboche, J., Hantraye, P., Brouillet, E., Elalouf, J. M. & de Chaldee, M. (2008). Quantitative gene expression profiling of mouse brain regions reveals differential transcripts conserved in human and affected in disease models. Physiol Genomics 33, 170-9.
  • Chantret, N., Salse, J., Sabot, F., Bellec, A., Laubin, B., Dubois, I., Dossat, C., Sourdille, P., Joudrier, P., Gautier, M. F., Cattolico, L., Beckert, M., Aubourg, S., Weissenbach, J., Caboche, M., Leroy, P., Bernard, M. & Chalhoub, B. (2008). Contrasted microcolinearity and gene evolution within a homoeologous region of wheat and barley species. J Mol Evol 66, 138-50.
  •  de Berardinis, V., Vallenet, D., Castelli, V., Besnard, M., Pinet, A., Cruaud, C., Samair, S., Lechaplais, C., Gyapay, G., Richez, C., Durot, M., Kreimeyer, A., Le Fevre, F., Schachter, V., Pezo, V., Doring, V., Scarpelli, C., Medigue, C., Cohen, G. N., Marliere, P., Salanoubat, M. & Weissenbach, J. (2008). A complete collection of single-gene deletion mutants of Acinetobacter baylyi ADP1. Mol Syst Biol 4, 174.
  • Dufresne, A., Ostrowski, M., Scanlan, D. J., Garczarek, L., Mazard, S., Palenik, B. P., Paulsen, I. T., de Marsac, N. T., Wincker, P., Dossat, C., Ferriera, S., Johnson, J., Post, A. F., Hess, W. R. & Partensky, F. (2008). Unraveling the genomic mosaic of a ubiquitous genus of marine cyanobacteria. Genome Biol 9, R90.
  • Duret, L., Cohen, J., Jubin, C., Dessen, P., Gout, J. F., Mousset, S., Aury, J. M., Jaillon, O., Noel, B., Arnaiz, O., Betermier, M., Wincker, P., Meyer, E. & Sperling, L. (2008). Analysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: a somatic view of the germline. Genome Res 18, 585-96.
  •  Espagne, E., Lespinet, O., Malagnac, F., Da Silva, C., Jaillon, O., Porcel, B. M., Couloux, A., Aury, J. M., Segurens, B., Poulain, J., Anthouard, V., Grossetete, S., Khalili, H., Coppin, E., Dequard-Chablat, M., Picard, M., Contamine, V., Arnaise, S., Bourdais, A., Berteaux-Lecellier, V., Gautheret, D., de Vries, R. P., Battaglia, E., Coutinho, P. M., Danchin, E. G., Henrissat, B., Khoury, R. E., Sainsard-Chanet, A., Boivin, A., Pinan-Lucarre, B., Sellem, C. H., Debuchy, R., Wincker, P., Weissenbach, J. & Silar, P. (2008). The genome sequence of the model ascomycete fungus Podospora anserina. Genome Biol 9, R77.
  • Ganesan, A., Chaussonnerie, S., Tarrade, A., Dauga, C., Bouchez, T., Pelletier, E., Le Paslier, D. & Sghir, A. (2008). Cloacibacillus evryensis gen. nov., sp. nov., a novel asaccharolytic, mesophilic, amino-acid-degrading bacterium within the phylum 'Synergistetes', isolated from an anaerobic sludge digester. Int J Syst Evol Microbiol 58, 2003-12.
  • Gaulin, E., Madoui, M. A., Bottin, A., Jacquet, C., Mathe, C., Couloux, A., Wincker, P. & Dumas, B. (2008). Transcriptome of Aphanomyces euteiches: new oomycete putative pathogenicity factors and metabolic pathways. PLoS ONE 3, e1723.
  •  Guermazi, S., Daegelen, P., Dauga, C., Riviere, D., Bouchez, T., Godon, J. J., Gyapay, G., Sghir, A., Pelletier, E., Weissenbach, J. & Le Paslier, D. (2008). Discovery and characterization of a new bacterial candidate division by an anaerobic sludge digester metagenomic approach. Environ Microbiol 10, 2111-23.
  •  Jaillon, O., Bouhouche, K., Gout, J. F., Aury, J. M., Noel, B., Saudemont, B., Nowacki, M., Serrano, V., Porcel, B. M., Segurens, B., Le Mouel, A., Lepere, G., Schachter, V., Betermier, M., Cohen, J., Wincker, P., Sperling, L., Duret, L. & Meyer, E. (2008). Translational control of intron splicing in eukaryotes. Nature 451, 359-62.
  •  Lapidus, A., Goltsman, E., Auger, S., Galleron, N., Segurens, B., Dossat, C., Land, M. L., Broussolle, V., Brillard, J., Guinebretiere, M. H., Sanchis, V., Nguen-The, C., Lereclus, D., Richardson, P., Wincker, P., Weissenbach, J., Ehrlich, S. D. & Sorokin, A. (2008). Extending the Bacillus cereus group genomics to putative food-borne pathogens of different toxicity. Chem Biol Interact 171, 236-49.
  •  Luro, F. L., Costantino, G., Terol, J., Argout, X., Allario, T., Wincker, P., Talon, M., Ollitrault, P. & Morillon, R. (2008). Transferability of the EST-SSRs developed on Nules clementine (Citrus clementina Hort ex Tan) to other Citrus species and their effectiveness for genetic mapping. BMC Genomics 9, 287.
  •  Maixner, F., Wagner, M., Lucker, S., Pelletier, E., Schmitz-Esser, S., Hace, K., Spieck, E., Konrat, R., Le Paslier, D. & Daims, H. (2008). Environmental genomics reveals a functional chlorite dismutase in the nitrite-oxidizing bacterium 'Candidatus Nitrospira defluvii'. Environ Microbiol.
  •  Marletaz, F., Gilles, A., Caubit, X., Perez, Y., Dossat, C., Samain, S., Gyapay, G., Wincker, P. & Le Parco, Y. (2008). Chaetognath transcriptome reveals ancestral and unique features among bilaterians. Genome Biol 9, R94.
  •  Moroldo, M., Paillard, S., Marconi, R., Fabrice, L., Canaguier, A., Cruaud, C., De Berardinis, V., Guichard, C., Brunaud, V., Le Clainche, I., Scalabrin, S., Testolin, R., Di Gaspero, G., Morgante, M. & Adam-Blondon, A. F. (2008). A physical map of the heterozygous grapevine 'Cabernet Sauvignon' allows mapping candidate genes for disease resistance. BMC Plant Biol 8, 66.
  •  Pelletier, E., Kreimeyer, A., Bocs, S., Rouy, Z., Gyapay, G., Chouari, R., Riviere, D., Ganesan, A., Daegelen, P., Sghir, A., Cohen, G. N., Medigue, C., Weissenbach, J. & Le Paslier, D. (2008). "Candidatus Cloacamonas acidaminovorans": genome sequence reconstruction provides a first glimpse of a new bacterial division. J Bacteriol 190, 2572-9.
  •  Picardeau, M., Bulach, D. M., Bouchier, C., Zuerner, R. L., Zidane, N., Wilson, P. J., Creno, S., Kuczek, E. S., Bommezzadri, S., Davis, J. C., McGrath, A., Johnson, M. J., Boursaux-Eude, C., Seemann, T., Rouy, Z., Coppel, R. L., Rood, J. I., Lajus, A., Davies, J. K., Medigue, C. & Adler, B. (2008). Genome sequence of the saprophyte Leptospira biflexa provides insights into the evolution of Leptospira and the pathogenesis of leptospirosis. PLoS ONE 3, e1607.
  •  Siala, M., Jaulhac, B., Gdoura, R., Sibilia, J., Fourati, H., Younes, M., Baklouti, S., Bargaoui, N., Sellami, S., Znazen, A., Barthel, C., Collin, E., Hammami, A. & Sghir, A. (2008). Analysis of bacterial DNA in synovial tissue of Tunisian patients with reactive and undifferentiated arthritis by broad-range PCR, cloning and sequencing. Arthritis Res Ther 10, R40. Apr 14. [Epub ahead of print].
  •  Thomas, S., Thomas, M., Wincker, P., Babarit, C., Xu, P., Speer, M. C., Munnich, A., Lyonnet, S., Vekemans, M. & Etchevers, H. C. (2008). Human neural crest cells display molecular and phenotypic hallmarks of stem cells. Hum Mol Genet.
  •  Vallenet, D., Nordmann, P., Barbe, V., Poirel, L., Mangenot, S., Bataille, E., Dossat, C., Gas, S., Kreimeyer, A., Lenoble, P., Oztas, S., Poulain, J., Segurens, B., Robert, C., Abergel, C., Claverie, J. M., Raoult, D., Medigue, C., Weissenbach, J. & Cruveiller, S. (2008). Comparative analysis of Acinetobacters: three genomes for three lifestyles. PLoS ONE 3, e1805.
  •  Vergne, C., Appenzeller, J., Ratinaud, C., Martin, M. T., Debitus, C., Zaparucha, A. & Al-Mourabit, A. (2008). Debromodispacamides B and D: Isolation from the marine sponge Agelas mauritiana and stereoselective synthesis using a biomimetic proline route. Organic Letters 10, 493-496.
  •  Wawrzyniak, I., Roussel, M., Diogon, M., Couloux, A., Texier, C., Tan, K. S., Vivares, C. P., Delbac, F., Wincker, P. & El Alaoui, H. (2008). Complete circular DNA in the mitochondria-like organelles of Blastocystis hominis. Int J Parasitol.

2007

  • Alloisio, N., Felix, S., Marechal, J., Pujic, P., Rouy, Z., Vallenet, D., Medigue, C. & Normand, P. (2007). Frankia alni proteome under nitrogen-fixing and nitrogen-replete conditions. Physiologia Plantarum 130, 440-453.
  •  Bourhy, P., Salaun, L., Lajus, A., Medigue, C., Boursaux-Eude, C. & Picardeau, M. (2007). A genomic island of the pathogen Leptospira interrogans serovar Lai can excise from its chromosome. Infect Immun 75, 677-83.
  •  Chauvaux, S., Rosso, M. L., Frangeul, L., Lacroix, C., Labarre, L., Schiavo, A., Marceau, M., Dillies, M. A., Foulon, J., Coppee, J. Y., Medigue, C., Simonet, M. & Carniel, E. (2007). Transcriptome analysis of Yersinia pestis in human plasma: an approach for discovering bacterial genes involved in septicaemic plague. Microbiology 153, 3112-24.
  •  Coolen, M., Sauka-Spengler, T., Nicolle, D., Le-Mentec, C., Lallemand, Y., Da Silva, C., Plouhinec, J. L., Robert, B., Wincker, P., Shi, D. L. & Mazan, S. (2007). Evolution of axis specification mechanisms in jawed vertebrates: insights from a chondrichthyan. PLoS ONE 2, e374.
  •  Cruveiller, S., Clay, O., Jabbari, K. & Bernardi, G. (2007). Simple proteomic checks for detecting noncoding RNA. Proteomics 7, 361-3.
  •  Deichmann, A., Hacein-Bey-Abina, S., Schmidt, M., Garrigue, A., Brugman, M. H., Hu, J., Glimm, H., Gyapay, G., Prum, B., Fraser, C. C., Fischer, N., Schwarzwaelder, K., Siegler, M. L., de Ridder, D., Pike-Overzet, K., Howe, S. J., Thrasher, A. J., Wagemaker, G., Abel, U., Staal, F. J., Delabesse, E., Villeval, J. L., Aronow, B., Hue, C., Prinz, C., Wissler, M., Klanke, C., Weissenbach, J., Alexander, I., Fischer, A., von Kalle, C. & Cavazzana-Calvo, M. (2007). Vector integration is nonrandom and clustered and influences the fate of lymphopoiesis in SCID-X1 gene therapy. J Clin Invest 117, 2225-32.
  •  Derbise, A., Chenal-Francisque, V., Pouillot, F., Fayolle, C., Prevost, M. C., Medigue, C., Hinnebusch, B. J. & Carniel, E. (2007). A horizontally acquired filamentous phage contributes to the pathogenicity of the plague bacillus. Mol Microbiol 63, 1145-57.
  •  Fall, S., Mercier, A., Bertolla, F., Calteau, A., Gueguen, L., Perriere, G., Vogel, T. M. & Simonet, P. (2007). Horizontal gene transfer regulation in bacteria as a "spandrel" of DNA repair mechanisms. PLoS ONE 2, e1055.
  •  Fierro, A. C., Thuret, R., Coen, L., Perron, M., Demeneix, B. A., Wegnez, M., Gyapay, G., Weissenbach, J., Wincker, P., Mazabraud, A. & Pollet, N. (2007). Exploring nervous system transcriptomes during embryogenesis and metamorphosis in Xenopus tropicalis using EST analysis. BMC Genomics 8, 118.
  •  Fraser-Liggett, C. M. & Weissenbach, J. (2007). Genomics. Curr Opin Microbiol 10, 479-80.
  •  Germon, P., Roche, D., Melo, S., Mignon-Grasteau, S., Dobrindt, U., Hacker, J., Schouler, C. & Moulin-Schouleur, M. (2007). tDNA locus polymorphism and ecto-chromosomal DNA insertion hot-spots are related to the phylogenetic group of Escherichia coli strains. Microbiology 153, 826-37.
  •  Giraud, E., Moulin, L., Vallenet, D., Barbe, V., Cytryn, E., Avarre, J. C., Jaubert, M., Simon, D., Cartieaux, F., Prin, Y., Bena, G., Hannibal, L., Fardoux, J., Kojadinovic, M., Vuillet, L., Lajus, A., Cruveiller, S., Rouy, Z., Mangenot, S., Segurens, B., Dossat, C., Franck, W. L., Chang, W. S., Saunders, E., Bruce, D., Richardson, P., Normand, P., Dreyfus, B., Pignol, D., Stacey, G., Emerich, D., Vermeglio, A., Medigue, C. & Sadowsky, M. (2007). Legumes symbioses: absence of Nod genes in photosynthetic bradyrhizobia. Science 316, 1307-12.
  •  Jaillon, O., Aury, J. M., Noel, B., Policriti, A., Clepet, C., Casagrande, A., Choisne, N., Aubourg, S., Vitulo, N., Jubin, C., Vezzi, A., Legeai, F., Hugueney, P., Dasilva, C., Horner, D., Mica, E., Jublot, D., Poulain, J., Bruyere, C., Billault, A., Segurens, B., Gouyvenoux, M., Ugarte, E., Cattonaro, F., Anthouard, V., Vico, V., Del Fabbro, C., Alaux, M., Di Gaspero, G., Dumas, V., Felice, N., Paillard, S., Juman, I., Moroldo, M., Scalabrin, S., Canaguier, A., Le Clainche, I., Malacrida, G., Durand, E., Pesole, G., Laucou, V., Chatelet, P., Merdinoglu, D., Delledonne, M., Pezzotti, M., Lecharny, A., Scarpelli, C., Artiguenave, F., Pe, M. E., Valle, G., Morgante, M., Caboche, M., Adam-Blondon, A. F., Weissenbach, J., Quetier, F. & Wincker, P. (2007). The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla. Nature 449, 463-7.
  •  Kreimeyer, A., Perret, A., Lechaplais, C., Vallenet, D., Medigue, C., Salanoubat, M. & Weissenbach, J. (2007). Identification of the last unknown genes in the fermentation pathway of lysine. J Biol Chem 282, 7191-7.
  •  Le Fevre, F., Smidtas, S. & Schachter, V. (2007). Cyclone: java-based querying and computing with Pathway/Genome databases. Bioinformatics 23, 1299-300.
  •  Madoui, M. A., Gaulin, E., Mathe, C., San Clemente, H., Couloux, A., Wincker, P. & Dumas, B. (2007). AphanoDB: a genomic resource for Aphanomyces pathogens. BMC Genomics 8, 471.
  •  Marais, G. A., Calteau, A. & Tenaillon, O. (2007). Mutation rate and genome reduction in endosymbiotic and free-living bacteria. Genetica.
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  •  Robert-Nicoud M, Flahaut M, Elalouf JM, Nicod M, Salinas M, Bens M, Doucet A, Wincker P, Artiguenave F, Horisberger JD, Vandewalle A, Rossier BC et Firsov D. (2001). Transcriptome of a mouse kidney cortical collecting duct cell line: Effects of aldosterone and vasopressin.  Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 98:2712-2716.
  •  Roest Crollius H. (2001). Le génome humain : une séquence pour le prix de deux ?  Med. Sci. 17:309-311.
  •  Rondeau G, Moreau I, Bezieau S, Petit JL, Heilig R, Fernandez S, Pennarun E, Myers JS, Batzer MA, Moisan JP et Devilder MC. (2001). Comprehensive analysis of a large genomic sequence at the putative B-cell chronic lymphocytic leukaemia (B-CLL) tumour suppresser gene locus.  Mutat. Res. 458:55-70.
  •  The International Human Genome Mapping Consortium. (2001). A physical map of the human genome.  Nature 409:934-941.
  •  Vigneau S, Levillayer F, Crespeau H, Cattolico L, Caudron B, Bihl F, Robert C, Brahic M, Weissenbach J et Bureau JF. (2001). Homology between a 173-kb region from mouse chromosome 10, telomeric to the Ifng locus, and human chromosome 12q15. Genomics 78:206-13.

 

 

COLLABORATIONS

Collaborations internationales

Projet MetaHit (Responsable : Denis Le Paslier)

 

    MetaHIT est un projet européen qui implique des scientifiques de 8 pays  (France, Allemagne, Grande Bretagne, Espagne,     Italie, Danemark, Pays-Bas et la Chine). L’objectif du projet est d’étudier les populations microbiennes de l’intestin de     l’homme, là où le nombre de microorganismes est dix fois plus élevé que toutes les cellules humaines réunies. Les     recherches entreprises dans MetaHIT aboutiront à une meilleure connaissance de ce métagénome, grâce à l’identification     des fonctions de ce microbiote.   

Projet Biosapiens (Responsable : Vincent Schächter)     

 BioSapiens est un Réseau d'Excellence financé par le 6e programme-cadre de recherche et développement de l'Union Européenne, et composé de chercheurs en bioinformatique issus de 25 institutions réparties dans 14 pays à travers l'Europe. L'objectif du réseau BioSapiens est de fournir un effort concerté, à grande échelle, pour annoter les données génomiques en utilisant à la fois des outils bioinformatiques et des données expérimentales.

  

Projet  ENFIN  (Responsable : Vincent Schächter)

 

    ENFIN est un réseau européen financé par le 6e programme-cadre de recherche et développement de l'Union     Européenne. Il s'agit d'un laboratoire virtuel visant à permettre l'intégration de résultats expérimentaux à l'échelle des     systèmes biologiques. Ses objectifs comprennent :

 

    1. Le développement d'approches communes entre expérimentalistes et modélisateurs dans le domaine de     l'interprétation des résultats expérimentaux à l'échelle des systèmes biologiques

 

    2. Le développement d'une plate-forme de calcul distribuée orientée vers l'intégration et l'analyse de données     expérimentales

 

    3. L'établissement de preuves directes de l'utilité scientifique de telles approches

 

    4. L'encouragement de l'évaluation critique des approches scientifiques à l'échelle des systèmes biologiques

 

    5. La dissémination des savoirs et techniques vers les chercheurs académiques à travers le monde

 

    6. La dissémination des savoirs et techniques vers la recherche appliquée, en particulier au bénéfice des PME     européennes

 

    7. La formation de jeunes chercheurs d'origines scientifiques diverses à la modélisation à l'échelle des systèmes     biologiques.

 

Projet TARPOL  (Responsable : Vincent Schächter)

 

TARPOL est une action de coordination financée par le 7e programme cadre de l'Union Européenne. Son objectif est de coordonner les efforts de groupes de recherches académiques et de PME aux fins de remédiation de la pollution environnementale par des microbes reprogrammés.

 

 

Autres (=Projets ANR) (Voir les projets qui ne concernent que l'UMR parmi ceux-ci)

Contrats en cours :

  • Micro-Obes (D. Le Paslier) : Microbiome intestinal humain dans l’obésité et la transition nutritionnelle. (Fev. 2008-fev. 2010)
  • Microscope (C. Médigue) : Plateforme d’annotation et d’analyse comparative des génomes microbiens (dec. 2007-dec. 2010)
  • RARE (C. Médigue) : Reactivity of an arsenic-rich ecosytem, an integrated genomics approach (Nov. 2007-nov. 2010)
  • BYOSIS (V. Schächter) : Dissecting co-evolved systems, towards a systems biology approach of cell phenotypes within evolving lineages (Fev. 2007- Fev. 2009)

 

Contrats à venir :

 

  • ALGOMICS (M. Katinka) : Etudes globales de la conversion et du stockage de l’énergie chez les microalgues
  • BAMBI (T. Brüls) : Bio-prospection par une approche métagénomique de biocatalyseurs chez les invertébrés xylophage, analyse des microbiomes d’invertébrés du sol de la forêt malgache.
  • DANAC (D. Le Paslier) : Digestion anaérobie activée
  • EVOGENO (C. Médigue) : Evolution et dynamique des génomes au cours d’une adpatation bactérienne à long terme
  • GENOZYME (M. Salanoubat) : Mining genomes for novel biocatalysts
  • METACOLI (V. Schächter) : Intégration de données et modélisation de la diversité métabolique de souches commensales et virulentes d’Escherichia coli.
  • METASOL  (D. Le Paslier)  : Description et exploitation de la communauté microbienne du sol par une approche métagénomique.
  • NEMATARGETS (F. Artiguenave): Identification de nouveaux gènes-cibles pour le développement de stratégies
  • SYMPA (C. Médigue) : Evolution expérimentales de la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum en symbiote de légumineuse : génétique et dynamique du changement d’hôte

 

 

Plateforme scientifique

Annotation et analyse de génomes procaryotes –Mise en oeuvre de la plateforme MaGe (Magnifying Genomes)

 

 

FORMATIONS

Formations attachées

Ecole doctorale

Des génomes aux organismes

Thèses en cours

  • Asadollah Aghaie sa thèse dans le laboratoire de Génomique et Biochimie du Métabolisme (http://www.genoscope.cns.fr/spip/Thesaurus-metabolique.html)
        Sujet de thèse : Etude du métabolisme du carbone chez Acinetobacter Baylyi ADP1
        Date de début: Janvier 2006
  • Maxime Durot effectue sa thèse dans le laboratoire de Bioinformatique des réseaux (http://www.genoscope.cns.fr/spip/Reseaux-metaboliques.html).
        Sujet de thèse :"Exploration et élucidation du métabolisme des microorganismes par la modélisation. Application à     l’interprétation des     essentialités de gènes. "
        Date de début: Octobre 2005
  • Aude Papeil effectue sa thèse dans le laboratoire de Génomique et  Biochimie du Métabolisme (http://www.genoscope.cns.fr/spip/Thesaurus-metabolique.html)
        Sujet de thèse :" « Caractérisation de mutants génomiques d'Acinetobacter baylyi ADP1. Recherche de nouvelles     fonctions »
        Date de début: Novembre 2007
  • Alexander Smith effectue sa thèse dans le laboratoire de Génomique Comparative
        (http://www.genoscope.cns.fr/spip/Atelier-de-genomique-comparative.html)
        Sujet de thèse : « Méthodes de reconstruction  de réseaux métaboliques et contexte génomique : application à la     recherche de gènes candidats pour les activités enzymatiques orphelines de séquence. »
        Date de début: 1er octobre 2008
  • Gilles Vieira effectue sa thèse dans le laboratoire de Bioinformatique des réseaux (http://www.genoscope.cns.fr/spip/Reseaux-metaboliques.html).
            Sujet de thèse :" Identification des relations entre propriétés structurelles du métabolisme en état stationnaire et évolution         du réseau métabolique chez les microorganismes. Application de ces effets à l’ingénierie métabolique, et notamment à la         mise en place de protocoles d'évolution dirigée. »
        Date de début: Octobre 2007
  • Tingzhang Wang  effectue sa thèse dans le laboratoire de Génomique Comparative
        (http://www.genoscope.cns.fr/spip/Atelier-de-genomique-comparative.html)
        Sujet de thèse : « Analyse du génome d'Escherichia coli à partir de l'implémentation d'une base de données multi     génomique d'Escherichia coli. »
        Date de début : Janvier 2006

Thèses soutenues

Supports et matériels pédagogiques

Rubrique « Pour les enseignants et les étudiants »

 

A voir absolument (sites de vulgarisation)

 

 

INFORMATIONS PRATIQUES

Responsable du laboratoire : Marcel SALANOUBAT

Tél. : 01 60 87 11 58

Courriel : direction-UMR8030@genoscope.cns.fr

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