Université Evry Val d'Essonne

Thèmes :

 Etude de la structure et de la fonction des génomes de plantes

 Analyse du transcriptome, Coord JP Renou
Analyse du phosphoprotéome, Coord H. Hirt
Bioinformatique, Coord A. Lecharny
Génomique de la vigne, Coord AF Adam-Blondon
Génomique fonctionnelle des plantes cultivées, Coord A. Bendahmane
Organisation des génomes des plantes cultivées, Coord B. Chalhoub
Fonction des gènes d'Arabidopsis, Coord C. Lurin

Activités

 Les objectifs de l’URGV sont de développer des outils d’analyse des génomes de plantes et de les utiliser pour identifier des gènes ayant une importance agronomique (gènes importants pour la culture des plantes et la production de semences), environnementale (gènes de résistance aux maladies) ou agro-industrielles (gènes contribuant à la qualité des produits végétaux).

Les thèmes de recherches sont répartis en trois axes principaux :

a) L’analyse fonctionnelle du génome modèle d’Arabidopsis

• développement d’outils d’analyse du transcriptome, et de ChIP/Chip,

• analyse du protéome et de l’ORFéome d’Arabidopsis,

• développement de techniques d’inactivation de gènes,

• analyse de la famille des PPR, impliquées dans le fonctionnement des organelles,

• analyse des MAP kinases et de leur rôle dans l’adaptation aux stress biotiques

et abiotiques.

b) L’analyse des génomes de plantes cultivées

• création d’outils de cartographie et de génotypage à haut débit,

• analyse comparée de la structure des génomes de plantes, blé, colza et

vigne en particulier,

• clonage positionnel de gènes d’importance agronomique,

• développement d‘outils de génétique réverse (TILLING),

• analyse des transcrits du génome de la vigne.

c) La bioinformatique

• développement d’une base de données, FLAGdb sur le génome modèle d’Arabidopsis et d’outils bioinformatiques adaptés à la gestion des données produites et à leur analyse.

• création de nouveaux outils d’analyse des génomes facilitant les études de conservations de synténie entre génomes le travail d’amélioration des plantes. Développement d’outils d’analyse des séquences régulatrices des gènes.

• collaboration avec le Génoscope pour l’annotation du génome de la vigne.

Membres :

PUBLICATIONS

•  Aubourg S, Martin-Magniette ML, Brunaud V, Taconnat L, Bitton F, Balzergue S, Jullien PE, Ingouff M, Thareau V, Schiex T, Lecharny A, Renou JP: Analysis of CATMA transcriptome data identifies hundreds of novel functional genes and improves gene models in the Arabidopsis genome. BMC Genomics 8: 401 (2007).

• Boualem A, Fergany M, Fernandez R, Troadec C, Martin A, Morin H, Sari MA, Collin F, Flower JM, Pitrat M, Purugganan MD, Dogimont C, Bendahmane A: A conserved mutation in an ethylene biosynthesis enzyme leads to andromonoecy in melons. Science (2008) In press.

•     Chantret N, Salse J, Sabot F, Rahman S, Bellec A, Laubin B, Dubois I, Dossat C, Sourdille P, Joudrier P, Gautier MF, Cattolico L, Beckert M, Aubourg S, Weissenbach J, Caboche M, Bernard M, Leroy P, Chalhoub B: Molecular basis of evolutionary events that shaped the hardness locus in diploid and polyploid wheat species (Triticum and Aegilops). Plant Cell 17: 1033-45 (2005).

•     Djamei A, Pitzschke A, Nakagami H, Rajh I, Hirt H: Trojan horse strategy in Agrobacterium transformation by abusing MAPK defence signalling. Science 318: 453-456. (2007).

•     Falcon de Longevialle A, Meyer EH, Andres C, Taylor NL, Lurin C, Millar AH, Small I: The Pentatricopeptide Repeat Gene OTP43 Is Required for trans-Splicing of the Mitochondrial nad1 Intron 1 in Arabidopsis thaliana. Plant Cell 19: 3256-65 (2007).

• Jaillon O, …Clepet C, …, Aubourg S, …Paillard S, Moroldo M, Canaguier A, Le Clainche I, …Lecharny A,… Caboche M, Adam-Blondon AF,Wincker P: The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla. Nature 449: 463-7 (2007).

•     Janda J, Safar J, Kubalakova M, Bartos J, Kovarova P, Suchankova P, Pateyron S, Cihalikova J, Sourdille P, Simkova H, Faivre-Rampant P, Hribova E, Bernard M, Lukaszewski A, Dolezel J, Chalhoub B: Advanced resources for plant genomics: a BAC library specific for the short arm of wheat chromosome 1B. Plant J 47: 977-86 (2006).

• Nieto C, Morales M, Orjeda G, Clepet C, Monfort A, Sturbois B, Puigdomenech P, Pitrat M, Caboche M, Dogimont C, Garcia-Mas J, Aranda MA, Bendahmane A: An eIF4E allele confers resistance to an uncapped and non-polyadenylated RNA virus in melon. Plant J 48: 452-62 (2006).

•     Schikora A, Carreri A, Charpentier E, Hirt H: The dark side of the salad : Salmonella typhimurium overcomes the innate immune response of Arabidiopsis thaliana and shows an endopathogenic lifestyle. PLOS One (2008).

•     Triques K, Sturbois B, Gallais S, Dalmais M, Chauvin S, Clepet C, Aubourg S, Rameau C, Caboche M, Bendahmane A: Characterization of Arabidopsis thaliana mismatch specific endonucleases: application to mutation discovery by TILLING in pea. Plant J 51: 1116-25 (2007).

•     Turck F, Roudier F, Farrona S, Martin-Magniette ML, Guillaume E, Buisine N, Gagnot S, Martienssen RA, Coupland G, Colot V: Arabidopsis TFL2/LHP1 specifically associates with genes marked by trimethylation of histone H3 lysine 27. PLoS Genet. 3: 86 (2007).

Réseau de recherche

•  COREGRAPGENE,

• ARABIDOSEED,

• REGULATORS,

• MELRIP ,

• GRAPSEQ,

• RICETILL

• PHYTOSOL,

• REGENEOME,

• RILKIT ,

• SUNYFUEL,

• POLYPLOIDIE (Réseaux ANR Génoplante)

Collaborations internationales

•  Séquençage et annotation du génome de la vigne. Collaboration avec le Génoscope et plusieurs partenaires italiens.

• Collaborations européennes GLIP, AGRONOMICS, VERT, BIOEXPLOIT, EVOLTREE, EUSOL

• Collaborations avec l’Inde dans le domaine du TILLING

Plateforme scientifique

•  Plateforme Transcriptome

• Plateforme TILLING

• Plateforme Clonage positionnel

Formations attachées

Ecole doctorale

 Des génomes aux organismes

Masters attachés

• Génomique et productivité végétale UEVE

• Biologie intégrative et moléculaire UEVE

Thèses en cours

•  Virginie Bernard

• Alois Brisson

• Samuel Mainguet

• Imen Mestiri

• Cléa Houel

• Souah Berriri

• Mathieu Charles

• David Armisen

• Ronan Fernandez

Responsable du laboratoire : Heribert Hirt DR1 INRA, membre de l'EMBO

Tél. : 01 60 87 45 06

Courriel : Genet@evry.inra.fr

Directeurs adjoints

• Michel Caboche DR1 INRA, membre de l’EMBO

• Anne-Françoise Adam Blondon, DR2 INRA