Analyse comparative de génomes eucaryotes/procaryotes (plantes, animaux, protozoaires et bactéries) et de très grands jeux de données métagénomiques et métatranscriptomiques en particulier ceux obtenus dans le cadre du projet TARA OCEANS.
Annotation et analyse comparative de génomes procaryotes, prédiction et comparaison de réseaux métaboliques. Etude du métabolisme des procaryotes et de leurs acteurs : les enzymes, pour obtenir une vision globale de la chimie d'une cellule et contribuer au développement d'une chimie plus " eco-compatible ". Identification de nouvelles réactions enzymatiques de bioconversion chez les bactéries en s'appuyant sur des analyses génomiques.
Introduction d'étapes biocatalysées dans des processus de chimie de synthèse. Développement de bactéries "châssis" pouvant assimiler des C1 réduits (ex : méthanol) obtenus à partir du C02 , implémentation dans ces bactéries "hôtes" de voies synthétiques pour la production de molécules d'intérêt pour l'industrie. Recherche de méthodes biologiques pour dégrader des xénobiotiques, un cas d'étude : la choredecone.