Covid : Tout ce que l'on sait sur une seule carte

Ils sont quatre chercheurs à coordonner le projet international COVID-19 Disease Map. Le Dr. Anna Niarakis, enseignante-chercheure en bio-informatique et biologie computationnelle des systèmes au laboratoire GenHotel de l'Université d’Évry, en fait partie. Répondant à l’appel lancé par la communauté Disease Maps, près de 200 scientifiques de plus de 100 institutions et 24 pays ont actuellement rejoint le projet.

L’objectif est de réunir dans un seul référentiel l’ensemble des connaissances scientifiques sur les interactions entre le coronavirus SRAS-CoV-2 et le corps humain, et d’aider ainsi à l’identification de pistes thérapeutiques.

Ce grand projet collaboratif a abouti à une plateforme accessible à l’ensemble de la communauté scientifique, qui s’enrichit au fur et à mesure de l’avancée des connaissances sur le Covid-19. 

La plateforme compile, sous forme de carte interactive, l’ensemble des données disponibles sur les interactions moléculaires entre le virus et l'organisme. Elle aide ainsi à comprendre le rôle de ces interactions dans les mécanismes complexes de la maladie : processus d’infection, voies biologiques et types de cellules affectés, prolifération virale, réponse inflammatoire, etc.

L’objectif est de gagner en efficacité pour améliorer notre compréhension du Covid-19 et accélérer le développement de diagnostics et de thérapies.

Réorientation de l'outil conçu par Anna Niarakis pour identifier les traitements appropriés

Responsable de l’axe Modélisation du projet, Anna Niarakis utilise l’outil de modélisation dynamique qu’elle a développé avec l’Inria sur la polyarthrite rhumatoïde au sein du laboratoire GenHotel.

Il permet de tester virtuellement l’effet de perturbations sur l’évolution de la maladie, notamment la prolifération virale, la mort cellulaire, l’inflammation. En croisant de telles analyses aux bases de données sur les médicaments, il sera possible d’identifier des candidats médicaments.

COVID-19 Disease Map

La plateforme COVID-19 Disease Map permet l’exploration visuelle et les analyses informatiques des mécanismes moléculaires impliqués dans le coronavirus SRAS-CoV-2, sa multiplication, ses interactions avec l'organisme, ainsi que la réponse immunitaire et la récupération des cellules humaines. Le défi est d’associer vitesse et qualité dans la course contre cette pandémie sans précédent !

Dans ce projet, les bio-informaticiens organisent et exploitent la richesse des informations, puis les biologistes, virologues, cliniciens vérifient les modèles.

Ainsi, la participation active de près de 200 scientifiques couvre tous les champs d’expertise nécessaires à la compréhension du Covid-19 :

  • les aspects cliniques et moléculaires de la maladie,
  • la caractérisation des interactions moléculaires et la construction des diagrammes de biologie des systèmes représentant les mécanismes de la maladie,
  • l’exploration de la littérature médicale
  • l’intégration de diverses bases de données et les compétences bio-informatiques,
  • la modélisation informatique pour analyser les perturbations liées aux maladies à l’aide d’approches de biologie des systèmes.

Mutualiser les compétences et les énergies pour relever les défis du Covid-19

Le projet COVID-19 Disease Map est un effort interdisciplinaire, impliquant des scientifiques aux expertises complémentaires pour relever les défis de la pandémie sous plusieurs angles. Le projet bénéficie de la participation de groupes scientifiques de renommée internationale qui renforcent la communauté pour un large éventail de domaines scientifiques. Les différents axes du projet avancent en parallèle, grâce au travail bénévole et à l’enthousiasme des membres de la communauté COVID-19 Disease Map.

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