PanGAIMiX : un financement ANR pour explorer la diversité génétique microbienne
Publié le :
27
nov. 2025
Le LaMME, Laboratoire de Mathématiques et de Modélisation, titulaire avec le Genoscope d’un financement ANR de quatre ans pour son projet PanGAIMiX. Le projet financé par l’agence est porté par Alexandra Calteau du Genoscope, et par Christophe Ambroise, Professeur de l’équipe « Statistiques et génome » du LaMME. Le projet vise à explorer des génomes microbiens en s’appuyant sur leur pangenome, c’est- dire la gamme complète de gènes de chaque espèce. Il fait dialoguer biologie, statistiques et IA pour explorer la complexité du vivant.
Le pangenome d’une espèce regroupe tous les gènes présents dans l’ensemble de ses organismes : certains sont communs à tous (le “noyau”), d’autres spécifiques à certains (le “nuage”). Le projet ANR PanGAIMiX vise à comprendre cette diversité génétique en combinant statistique, bioinformatique et intelligence artificielle. Les chercheur·ses modélisent les pangenomes sous forme de graphes de gènes, où les liens représentent les voisinages spatiaux ou occurrence conjointe de deux gènes dans un même génome. Ils développeront ensuite des algorithmes d’apprentissage sur graphes pour détecter automatiquement des modules de gènes partageant des fonctions ou une histoire évolutive commune.
À plus long terme, le projet développera PanGBank, une base de données pangénomique exhaustive regroupant les génomes de plus de 40 000 espèces microbiennes qui sera rendue publiquement accessible. Ces outils permettront d’identifier des signatures biologiques, par exemple liées à l’antibiorésistance. Le projet associe le Genoscope (CEA), le LaMME (Université Évry Paris-Saclay) et Guillaume Gautreau, chercheur INRAe du centre de Jouy-en-Josas.